Le Conseil d'Administration (CA) détermine la politique de l'établissement, notamment en délibérant sur le contenu du contrat d'établissement. Il vote le budget, répartit les emplois, approuve les accords et conventions.
Le conseil d'administration de l'Université du Sud est composé de 50 membres.

 Le Conseil Scientifique (CS) propose au C.A. les orientations de la politique de recherche. Il est consulté sur l'intitulé à donner aux emplois de chercheurs et d'enseignants-chercheurs, sur le contrat d'établissement, sur les demandes d'habilitation et de modification concernant les enseignements de 3ème cycle, sur les projets de création ou de modification des diplômes. Il assure la liaison entre l'enseignement et la recherche. C'est un organe consultatif.
Le C.S. de l'Université du Sud est composé de 30 membres.

 Le Conseil des Etudes et de la Vie Universitaire (CEVU) propose au C.A. les orientations des enseignements de formation initiale et de formation continue. Il instruit les demandes d'habilitation et les projets de nouvelles filières. Il examine les mesures destinées à permettre l'orientation des étudiants et à faciliter leur entrée dans la vie active ainsi que toutes les questions relatives aux conditions de vie et de travail des étudiants.
Le C.E.V.U. de l'Université du Sud est composé de 30 membres.