Logo SeaTech

Soutenance de thèse de Laurie FAVRE - Laboratoire MAPIEM



Le Bureau des Études Doctorales a le plaisir de vous informer que

Madame Laurie FAVRE

Doctorante au laboratoire MAPIEM, rattaché à l’école doctorale 548 « Mer et Sciences », sous la direction de Gérald CULIOLI, Maître de conférences - HDR, Université de Toulon, Directeur de thèse Mme Annick ORTALO-MAGNÉ, Maître de conférences, Université de Toulon, Co-encadrante de thèse
soutiendra publiquement sa thèse en vue de l’obtention du Doctorat de Physiologie et Biologie des organismes – Populations - Interactions sur le thème suivant :

« Caractérisation par analyse métabolomique de biomarqueurs bactériens au sein de biofilms marins »

Le mardi 28 mars 2017 à 09h00 à l’Université de Toulon – Campus de La Garde – Bâtiment M – Amphi M01

devant un jury composé de :

RÉSUMÉS

CARACTERISATION PAR ANALYSE METABOLOMIQUE DE BIOMARQUEURS BACTERIENS AU SEIN DE BIOFILMS MARINS

En milieu marin, toute surface immergée est soumise à la colonisation par de nombreux organismes (biofouling). Le développement de biofilms constitue une étape-clé de ce phénomène. Dans ces structures, les systèmes de communication sont contrôlés par le biais de signaux chimiques. Dans ce travail, l’étude de la signature métabolique de biofilms formés in situ a été réalisée le long d’un gradient de pollution (rade de Toulon) et sur différentes surfaces immergées (revêtements antifouling). De nettes variations métaboliques ont été observées et comparées aux communautés microbiennes présentes. Dans un second temps, l’étude in vitro de quatre bactéries issues de biofilms naturels a permis, après optimisation des méthodologies d’analyse, de les discriminer selon leur profil métabolique. Des biomarqueurs ont été mis en évidence, avec notamment la production d’aminolipides par la souche Pseudoalteromonas lipolytica TC8. Les réponses biologiques de cette bactérie selon son phénotype et en condition de stress cuprique ont été ensuite étudiées par métabolomique et protéomique révélant d’importantes modulations au niveau de certaines voies biosynthétiques

Mot clés  : Bactéries marines ; Biofilms ; Métabolomique ; LC-MS ; Protéomique ; Réseaux moléculaires ; Aminolipides, Analyses statistiques.

CHARACTERIZATION OF BACTERIAL BIOMARKERS BY METABOLOMICS IN MARINE BIOFILMS

In the marine environment, all immersed surfaces are subjected to colonization pressure by a great diversity of micro- and macroorganisms (biofouling). The development of biofilms constitutes a key stage in this process. In such biological structures, communication systems are mainly controlled by chemical signals. In this work, chemical profiles of natural biofilms collected along a pollution gradient (Bay of Toulon) and on several types of antifouling coatings were studied. Marked chemical variations were observed and compared with microbial community structure. The specific study of cultures of four bacterial strains isolated from natural biofilms allowed, after optimization of the analytical protocols, their discrimination according to their metabolic profiles. Discriminant biomarkers were then identified and, among them, ornithine lipids were found to be particularly over-expressed in Pseudoalteromonas lipolytica TC8. The biological responses of this strain depending on its phenotype and face to copper stress were studied by a combined metabolomics and proteomics analysis. It showed significant changes of some biosynthetic pathways.

Keywords : Marine bacteria ; Biofilms ; Metabolomics ; LC-MS ; Proteomics ; Molecular networking ; Amino lipids ; statistical analyses.



Université de Toulon - http://www.univ-tln.fr/Soutenance-de-these-de-Laurie-FAVRE-Laboratoire-MAPIEM.html - comweb@univ-tln.fr