Pour mieux comprendre les processus biologiques qui animent l’océan et fournir aux décideurs publics des outils pour protéger nos côtes, l’institut Méditerranéen d’Océanologie (MIO) mène actuellement une campagne de prélèvements dans plusieurs ports du Var et des Alpes-Maritimes, centré sur l’étude des microorganismes.
Bien qu’invisible à l’œil nu, le plancton microbien est abondant (plus de 100 000 individus dans une goutte d’eau) et très diversifié. Sa croissance rapide lui permet de réagir très vite aux variations de son environnement. Ses capacités d’adaptations en font un indicateur privilégié des perturbations qui affectent la biodiversité marine.
Dans ce contexte, le projet MICROSURV (Observation du MICRObiote planctonique pour détecter et SURVeiller l’impact écologique des activités humaines), porté par l’Institut méditerranéen d’océanologie (MIO) à l’Université de Toulon a pour objectif de démontrer la pertinence de différents bioindicateurs microbiens pour la surveillance de la qualité écologique des environnements côtiers.
Après avoir identifié les premiers indicateurs microbiens potentiels, les chercheurs du laboratoire effectuent, depuis janvier 2025, une campagne d’échantillonnage d’un an des eaux de surface dans différents ports du territoire, chacun représentant des niveaux et types d’influence humaine contrastés (bassin versant, type d’activités, etc).
« Nous utilisons ces communautés microbiennes comme des révélateurs pour identifier et hiérarchiser les sources de pollution susceptibles d’altérer le bon fonctionnement des écosystèmes marins côtiers », précise Clara Dignan, post-doctorante au MIO et coordinatrice du projet. « Les prélèvements sont ensuite analysés dans les infrastructures de l’Université de Toulon afin de relier les réponses microbiennes observées aux contaminations détectées dans leur environnement. »
L’un des enjeux du projet est de tester différents outils, plus ou moins chronophages et onéreux, afin d’identifier celui qui sera le plus pertinents à mettre au service des gestionnaires. A terme, le transfert de ces connaissances aux gestionnaires pourrait leur permettre de mieux cibler leurs actions et de contribuer à restaurer ou maintenir un bon état écologique pour ces milieux côtiers fragiles.